1968 yılında Eskişehir’de doğdu. 1986 yılında girdiği Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nden 1990’da mezun oldu. 1991 yılında, Anadolu Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Çalışma Ekonomisi ve Endüstri İlişkileri Bölümü Çalışma Ekonomisi Anabilim Dalı’na araştırma görevlisi olarak atandı.1993’de yüksek lisans, 1996’da da doktora çalışmalarını Anadolu Üniversitesi’nde tamamladı. 2003 yılında “Sosyal Politika Doçenti” unvanını kazanan Dr. GÜNDOĞAN, 2008 yılında aynı fakültede profesör kadrosuna atandı.
Ulusal ve uluslararası dergilerde sosyal politika ve çalışma ekonomisi ile ilgili makaleleri, yurt içinde ve yurtdışında çeşitli konferanslarda sunulan ulusal ve uluslararası bildirileri bulunan Dr. GÜNDOĞAN, “Genç İşsizliği”, “Yoksulluğun Değişen Yüzü: Çalışan Yoksullar”, “Çalışma Ekonomisi”, “Gelir Dağılımı ve Yoksulluk” kitapların da yazarıdır.
2008-2009 Bahar döneminde ABD’de Cornell Üniversitesi Endüstri ve Çalışma İlişkileri Okulu’nda (ILR) misafir öğretim üyesi olarak bulunmuştur. Kalkınma Bakanlığı, Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı, TÜBİTAK, YÖK, TOBB gibi birçok kurum tarafından hazırlanan projelerde görev almış ve 2000-2009 yılları arasında Eskişehir, Afyon ve Kütahya bölgesinde Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı’na bağlı olarak “resmi arabuluculuk” yapmıştır.
2010-2014 yılları arasında Anadolu Üniversitesi Rektör Yardımcılığı görevinde bulunan Dr. GÜNDOĞAN, 22 Aralık 2013 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan kararla Cumhurbaşkanı tarafından Anadolu Üniversitesi Rektörlüğü’ne atanmıştır. 18 Mayıs 2018 tarihinde Anadolu Üniversitesi’nden ayrılarak kurulan Eskişehir Teknik Üniversitesi Rektörlüğü görevini tedviren yürütmüştür. Her iki üniversitedeki rektörlük görevini de 5 Eylül 2018 tarihinde tamamlayan Dr. GÜNDOĞAN, 1 Ekim 2018 tarihinde Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı’nda başkan danışmanı olarak görev yapmaya başlamıştır. 22 Kasım 2018 tarihli Resmi Gazete’de yayınlanan 2018/238 sayılı Cumhurbaşkanı Kararıyla Yükseköğretim Kurulu Üyeliği’ne atanan Dr. GÜNDOĞAN, 29 Kasım 2018 tarihli YÖK Genel Kurulu tarafından Yükseköğretim Yürütme Kurulu Üyeliğine seçilmiştir.
Üniversitelerarası Kurul Sosyal Bilimler Eğitim Konseyi Başkanlığı (2014-2018), Eskişehir 2013 Türk Dünyası Kültür Başkentliği Ajansı Yönetim Kurulu Üyeliği (2014-2016), Türk Dünyası Vakfı Mütevelli Heyet Üyeliği (2016-halen), Türkiye Fulbright Eğitim Komisyonu Yönetim Kurulu Üyeliği (Milli Eğitim Bakanlığı adına) (2015-2016) görevlerinde bulunan Dr. GÜNDOĞAN, 2017 yılında Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) asli üyeliğine seçilmiştir. Kendisine 2017 yılında Kolombiya’nın başkenti Bogota’da bulunan Kolombiya Açık ve Uzaktan Öğrenme Üniversitesi (Universidad Nacional Abierta y a Distancia) tarafından, dünyada açık ve uzaktan öğretime yapmış olduğu katkılardan dolayı “fahri doktora” unvanı verilmiştir.
Evli ve iki çocuk babasıdır.